中國醫藥大學於民國72年接辦由北港朝天宮籌資興建的媽祖醫院，74年正式開幕營運，正式名稱為「中國醫藥大學北港附設醫院」，當地民眾俗稱為北港媽祖醫院，至今已逾三十餘年。77年05月08日地區及教學醫院評鑑核定為準區域教學醫院。79年05月11日通過79學年度醫院評鑑由「準區域醫院」晉昇為「區域教學醫院」。爾後因應大幅修訂之新制教學醫院評鑑，於民國95年2月設立教研部，在首位吳欣席主任的開創下，96年7月順利通過新制教學醫院評鑑。之後於97年1月由陳信水接任主任，98年5月由鄭希彥接任主任至今。此後在鄭希彥主任的帶領下，順利通過了99年、102年與106年新制教學醫院評鑑，並發展『醫療體系下之行醫』與『在地化的社區醫學』等特色課程。
